之一世代中，在设定上尼多兰与尼多朗是同一物种的不同性别，在许多语言中二者名字相同，只不过末尾加上了♀和♂的后缀。
正式的性别机制于第二世代引入。宝可梦可分为三种性别：♂雄性（日文︰オス，英文︰male）、♀雌性（日文︰メス，英文︰female）和不明（日文︰不明，英文︰Unknown）。
固定性别
同一家族
非正式的配对
有些组合并非各自是单一性别，或者并非是同一家族。它们的配对来自于设定和形象上的些许联系。
无配对的单一性别宝可梦
有些宝可梦只有唯一的性别，并且没有合适的配对。
单一性别形态变化
有些形态变化只有唯一的性别，并且这些形态无法生蛋和进化。
决定性别
宝可梦的性别在生成时决定，取决于它的性别比例。
第二世代
性别与攻击个体值相关。因此，对于非固定性别的宝可梦来说，♀的攻击个体值不可能很高。
第三世代至第五世代
00000000 00000000 00000000 00000000
性别与性格值相关。不同性别比例有不同的性别阈值，用性格值最后1个字节的数值（称为基础值）与性别阈值进行比较来决定宝可梦性别。
第六世代至第七世代
性别阈值不再与基础值（0-255）比较，而是一个随机数（1-252）。
第八世代
性别阈值与一个随机数（1-253）比较。
性别差异
主页面：拥有性别差异的宝可梦列表
第四世代起，有些宝可梦的不同性别在形态上有微妙的不同。比如雄性的皮卡丘尾巴尖端是平整的，而雌性的则是桃心。
部分宝可梦性别差异较大，类似于形态变化一样分别有各自的绘图和形象数据空位：
部分宝可梦性别差异极大，而且特性、可以学习的招式等都有区别，已经完全到达了形态变化的程度：
超能妙喵
爱管侍
影响
生蛋
主页面：宝可梦培育
宝可梦培育与性别息息相关。特别地，若生蛋的母方是尼多兰或者亲代是尼多朗或其进化形和百变怪*，子代由性别决定是尼多兰还是尼多朗。若生蛋的母方是甜甜萤或者亲代是电萤虫和百变怪*，子代由性别决定是电萤虫还是甜甜萤。
进化
有些宝可梦只有在特定性别下才会进化：
只有奇鲁莉安♂可以使用觉醒石进化为艾路雷朵。
只有雪童子♀可以使用觉醒石进化为雪妖女。
结草儿♀在20级时会进化为结草贵妇，结草儿♂会进化为绅士蛾。
三蜜蜂♀在21级时进化成蜂女王，三蜜蜂♂则不会进化。
夜盗火蜥♀在33级时进化成焰后蜥，夜盗火蜥♂则不会进化。
道具
甜蜜球：若当前出战的宝可梦与目标处于同一进化家族中，且性别相异，捕获率×8，否则捕获率×1。
招式
迷人、诱惑和超极巨热情拥抱只对异性宝可梦有效。若使用者和目标中任何一方为性别不明，那么招式失败。
特性
迷人之躯：对战中异性宝可梦使用接触类招式攻击该特性的宝可梦时，会有30%的机率着迷。对战外当该特性的宝可梦配置在队伍首位时，出现的野生宝可梦为异性的机率变为2⁄3。大量出现、隐藏洞穴的宝可梦不受影响。
斗争心：对手与自身性别相同时，招式威力提升25%；性别不同时威力下降25%。双方只要有一方为性别不明时，招式威力不变，群体对战的群体伤害中，多性别仍然为同性威力提升25%，不同性威力下降25%。
旁支系列
《赤之救助队／青之救助队》
游戏机制上宝可梦没有性别，相关招式和特性做出了改动。
《时之探险队／暗之探险队／空之探险队》、《冒险团系列》
性别不明的宝可梦以—标志表示。雄性和性别不明的宝可梦击中要害率×1.5，雌性的宝可梦命中率和闪避率×263⁄256。除了固定性别的宝可梦，在奇数楼层遭遇的宝可梦都为♂，偶数楼层都为♀。
某些主角和搭档只能选择特定性别，性别还将影响二者的性格。剧情中有些传说的宝可梦是有性别的（比如时拉比是♀），但是游戏机制上仍然视为性别不明。
《极大之门与无限迷宫》
日文版中，游戏开始的剧情可以选择搭档的性别。游戏机制上宝可梦没有性别。
《超级不可思议的迷宫》
联系球可连接的宝可梦中有部分宝可梦能♂和♀各连接一只。游戏机制上宝可梦没有性别。
《救助队DX》
只有主角、搭档和果然翁有性别设计，其余宝可梦皆为雄性样貌。游戏机制上宝可梦没有性别。
《Masters》
在电属性＆钢属性蛋活动的说明文中，性别不明的宝可梦以△标志表示。
《宝可缤纷趣》
主页面：宝可梦列表（宝可缤纷趣）
在2022/06/17起，宝可缤纷趣追加伊布和皮卡丘的性别，♂、♀属不同宝可梦，他们的拿手特调材料及关卡图示有所不同。
细节
由于露力丽的性别比例与玛力露不同，在第六世代前1⁄3的雌性露力丽进化后会变为雄性玛力露。
有些宝可梦在图鉴或其他旁支游戏及动画中被描述为特定性别，但在主系列游戏中属于性别不明。如苍响被描述为藏玛然特的姐姐、抚养幼年人类的萨戮德有被称为“阿爸”的形态。
有些宝可梦名字中带有固定性别的字、词，但并非固定性别，如土龙弟弟、哥德 *** 、噬沙堡爷等。
在宝可梦大集结中，可以根据伊布时期的尾巴花纹判断游戏中的仙子伊布都是雄性，太阳伊布和冰伊布都是雌性。而嘟嘟及嘟嘟利皆为雌性。
但在该游戏中并没有与性别相关的系统或招式。
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